En algunas circunstancias especiales, la glutamina puede llegar a ser condicionalmente esencial, provocando deficiencias en órganos y tejidos. Durante un entrenamiento intenso, por ejemplo, el cuerpo puede perder hasta el 50% de sus niveles de glutamina, quedando incapacitado para sintetizar de manera natural la suficiente para poder satisfacer sus necesidades.
En el caso en el que tu sistema inmune, u otros sistemas corporales, se vuelvan deficientes en glutamina, las reservas de este aminoácido en el músculo serán las primeras en usarse, por lo que es importante contar siempre con un nivel adecuado.